Models algebraics en genòmica
Professors:
Marta Casanellas Rius
Horari:
Dimarts 9:00-10:30 aula 103
Divendres 10:00-11:30 aula 103
Classe 1 (09/2/2010):
Introducció
Links:
Ensembl
Glossari de bioinformàtica
Classe 12/02.
Links:
nombre d'arbres
article:
l'Eva mitocondrial
.
Classe 12/03.
Links:
Jerarquia de Felsenstein
Classe 19/03.
Links:
Why neighbor-joining works
Pràctica 26/03.
Pràctica
Homework
FitxersSAGE
FitxersMatlab
Pràctica 9/04.
PHYLIP
Pràctica
Fitxer de seqüències
Arbre correcte?
AlAirdroos-Snir
Alineaments:
DAX
,
TP53
,
APOE
, IRAK3
Pràctica 4/05.
Accés web SAGE
Pràctica
NCBI
Pràctica 18/05.
Programes de
predicció de gens
:
Gens en l'humà:
DAX
,
APOE
,
TP53
,
IRAK3
HMM:
GENEID
HMMgene
Programes d'
alineament
:
Seqüències de test:
testseq.txt
Needleman-Wunsch algorithm:
EMBOSS needle
(global), water (local)
pair HMM:
Wise 2
alineament múltiple:
T-Coffee
Clustalw
Darrera actualització:17
/05/2010
